Как удалить объект конфигурации

Объекты удаляются в 2 шага. Сначала отключите все не нужные объекты. Поставьте им Enabled=false.
Например, если вам нужно удалить объект "Форма средства изменений", найдите его в конфигурации и "отключите".
Затем, если они на самом деле больше не нужны, зайдите в Справочники - Объекты системы и удалите их физически.